Дали има повече рискове при соевите аминокиселини, отколкото ползи, от гледната точка зависи. Някои хора соята за "суперхрана" смятат, други - че е опасна, казват. Ако относно соята някакви съмнения имате, с вашия лекар се консултирайте за това дали в хранителният си план да я включите. Има риск да не може организмът аминокиселините от соята да абсорбира толкова ефективно, колкото други протеини, особено с месен произход.

Протеиновите добавки са направени обикновено от суроватка, яйца, на млякото или соя вторичен продукт. Сред бодибилдерите тя с това е известна, че по-слабо е абсорбирана в мускулите, отколкото другите протеини.  Все още победителят не е ясен. Реалността е, че на протеин няма нито един източник, който от останалите по–добри резултати категорично да дава. Някои изследвания вече показват, че е най–добрият протеин яйцето, а суроватката –други изследвания, макар че и такива на соята в полза има. Въпреки че са неубедителни данните, има известен риск все пак, на факта присъщ, че както потребителите, така и учените, под въпрос поставят това дали е най–добрият източник соята на аминокиселини.

Безспорен е фактът, че соята за мускулният растеж помага, но за децата и подрастващите не е полезна. Доказано е, че тя хормона на растежа стимулира и днес е налице на по–ранният пубертет появата. Учените риска от соевите аминокиселини все още изследват, но са категорични децата и бременните от консумацията на соеви продукти да се въздържат. Има и висок риск токсини да погълнете - остатъци от третирането с пестициди. Този риск за преработените продукти е по–висок, където не е основен продукт соята, а съставка. Тофу и темпе, други от соя преработени продукти, са с по–концентрирани количества и могат на химикали по–голяма концентрация да съдържат, с които растенията са третирани.

Соята, поради влакнестата си структура, върху храносмилателния тракт допълнително напрежение прави. Това допълнително усилие не е вредно за нейната преработка, ако в добро здраве е човек. На някои лекарства в листовките е уточнено предварително, че със соя те не са съвместими - тя в действието на дихателните медикаменти се намесва. Същото и за лекарствата за щитовидната жлеза се отнася и добавки за естрогени.