Отпадните води от животновъдните ферми носят голяма опасност за околната среда. Тези води не могат директно да се влеят в обществената канализация на населеното място, преди да бъдат пречистени. Още със стартирането на проектите по изграждане на ферма, в която ще се отглежда добитък, се предвижда и изграждането на съвременни пречиствателни станции, които да обезвреждат токсините в отпадните води.
 Съвременното животновъдство е обвързано с много изисквания по отношение на хигиената. Много се мие в оборите, в помещенията за преработка на месото и навсякъде във фермата, се ползва голямо количество вода. Тази вода съдържа освен животински фекалии и много отпадъци от дейността по преработка на месото. Организацията на повечето ферми е направена така, че да се ограничава попадането на неподходящи отпадъци в изградените локални пречиствателни станции. Кръв, парчета от кости, месо и кожа не е желателно да попадат в съоръжението. За едрите отпадъци си има филтри, които да ги елиминират от системата, а кръвта, ако е в малки количества, се преработва безпроблемно.
Освен биологични отпадъци, в една ферма има и много  химически замърсители. Като се започне от препаратите за дезинфекция и се стигне до лекарствата, които се дават на животните - всичко това попада чрез фекалиите в пречистващите съоръжения. Затова пречиствателни станции за ферми се изграждат по точно определен начин. Филтрите, които трябва да съдържа съоръжението трябва да могат да пречистват водата от много широк спектър замърсители. Това е неизбежно, за да може да се покрият изискванията на органите по санитарен контрол.